我买的水稻种子有问题。企业该怎么办？

根据《产品质量法》规定，因产品质量发生民事纠纷时，当事人可以通过协商或者调解解决。当事人不愿通过协商、调解解决或者协商、调解不成的，可以根据当事人各方的协议向仲裁机构申请仲裁；当事人各方没有达成仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以直接向人民法院起诉。
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对产品质量问题的起诉，应该在发现自已权利受到侵害一年内提出，如超过一年，权利将不再受法律保护。
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先向所在地县级以上种子管理机构申请办理法律依据：《种子经营许可证》，然后凭许可证再到工商行政管理部门办理《营业执照》后，方可从事农作物种子经营。开农资店需要先办理个体工商户营业执照，如果涉及到出售种子、农药或兽药的，还要办理相关的销售许可证。申请农药经营许可证的，应当向县级以上地方农业部门提交以下材料：1、农药经营许可证申请表；2、法定代表人（负责人）身份证明复印件；3、经营人员的学历或者培训证明；4、营业场所和仓储场所地址、面积、平面图等说明材料及照片；5、计算机管理系统、可追溯电子信息码扫描设备、安全防护、仓储设施等清单及照片；6、有关管理制度目录及文本；7、申请材料真实性、合法性声明；8、农业部规定的其他材料。法律依据:法律依据:《农药经营许可管理办法》第十三条农药经营许可证有效期为五年。农药经营许可证有效期内，改变农药经营者名称、法定代表人（负责人）、住所、调整分支机构，或者减少经营范围的，应当自发生变化之日起三十日内向原发证机关提出变更申请，并提交变更申请表和相关证明等材料。原发证机关应当自受理变更申请之日起二十个工作日内办理。符合条件的，重新核发农药经营许可证；不符合条件的，书面通知申请人并说明理由。